我国政府高度重视转基因生物技术，在“九五”末期，战略性的选择吉林省率先开展转基因技术研发。1999年8月28日，国家科技部在吉林省组织专家对“转基因专项”进行了论证，同年11月29日正式批准立项投资。依托吉林省农业科学院组织实施“国家转基因植物中试与产业化基地（吉林）”的项目建设，旨在建立转基因玉米、大豆和水稻等作物的国家级技术研发平台。2008年，国务院正式批准，由农业部组织实施的“转基因生物新品种培育”十一五国家科技重大专项的启动，又投入专项资金对基地进行完善，以进一步提升转基因育种相关研发能力。基地也由此更名为“国家转基因玉米、大豆中试与产业化基地（公主岭）”。基地的完善标志着我国进入了转基因技术与产业发展的战略机遇期与高速发展期。

在国家相关部门支持下，基地已经形成了由转基因研发平台、规模化植物转基因工程平台、转基因植物培育平台，转基因专用试验圃场、转基因植物产业化平台组成的五位一体植物转基因工程化新品种培育设施。

6600平方米的转基因研发平台，用于功能基因挖掘和收集、基因架构设计和构建、候选基因功能认证、转基因新技术研发及基因分子检测。

7200平方米的规模化植物转基因工程平台，用于完成转基因苗的批量化生产。平台拥有5条独立的转基因植物生产线，每条生产线均由试验准备室、超净遗传转化室和组织培养室组成。工程平台还统一配备炼苗室，分子鉴定室，转基因种质分类储藏室，以及符合生物安全标准的洗涤、灭菌、分装车间和垃圾收集处理系统。

5000平方米的转基因植物培育平台为光、温、湿和二氧化碳浓度可控的四季温室，与规模化植物转基因工程中心直接通道相连，全天候转接工程中心生产的转基因苗，并常年为工程中心提供转基因植物受体材料。同时还建成1200平方米的生物学功能鉴定池，满足抗虫、耐除草剂、耐旱、耐盐碱、养分高效利用转基因材料的小型可控条件田间试验鉴定。

转基因试验圃场由12公顷转基因植物环境安全评价圃场和28公顷转基因育种圃场组成，是全围墙封闭式的转基因专用实验圃场，可以满足转基因材料种质鉴评、环境安全评价、回交转育等试验研究。

转基因植物产业化平台由吉林省农业科学院的玉米、大豆、水稻等专业育种研究所和种业公司组成，完成转基因植物新品种的示范和推广。

基地建成以来，已成功运行了国家转基因生物新品种培育重大专项、国家“863”计划、“973”计划、农业部“948”项目、国际合作项目等几十项课题的研究，累计研究经费近亿元。自主克隆优质、抗病虫、耐旱、耐盐碱、养分高效利用基因50多个。创制耐除草剂、抗虫、抗病、耐旱、耐盐碱、养分高效利用等转基因植物新材料达数千份，其中300多份转基因材料已陆续进入中间试验和环境释放阶段。多项成果获得吉林省科技进步奖、中华神农科技进步奖等省部级奖项，审定品种3项，授权专利2项，发表学术论文400余篇。

同时，基地积极开展与中国科学院、中国农科院、北京大学、中国农大、南京农大、山东大学、PBL公司、英国洛桑试验站、苏格兰国家作物研究所（SCRI）等多家国内外研究机构和大学的合作和交流。基地已经成为我国转基因玉米、大豆新品种培育合作、共享和服务的重要技术平台。