农业生物技术研究所下辖研究中心（长春）、工程化基地（公主岭）和田间试验圃场。

研究中心（长春）建筑面积6600平方米，现有包括高通量快速实时荧光定量PCR仪（ABI-7900HT）、实时荧光定量PCR仪（ABI-7500）、实时荧光定量PCR仪（Bio-Rad iQ5）、超高速冷冻离心机（Cp100β）、高速冷冻离心机（CR22F）、自动化液体处理工作站（epMotion 5075）、多通道自动分液系统（MultiFlo）、基因分析仪（ABI-310）、基因分型检测系统（Lightscanner）、二维电泳系统、培养基自动化灭菌分装系统等在内的各类仪器设备700余台套。主要承担生物所6个研究团队的应用基础研究、技术服务和成果转化等工作。

工程化基地（公主岭）由工程化基地由工程化转基因大楼（7200平方米）、自动化温室（4000平方米）和功能鉴定池（1200平方米）构成，其主要功能是开展玉米、大豆、水稻、苜蓿等作物的规模化遗传转化，转基因材料的扩繁、生物学功能鉴定等方面的任务。

田间试验圃场由转基因环境安全评价圃场（10公顷）和育种圃场及其他配套设施构成，其主要功能是开展转基因材料的环境安全评价、杂交或回交选育、田间展示及区域试验等方面的任务。